工商行政管理部门处理商标被别人申请了版权时，认定侵权行为成立的，责令立即停止侵权行为，没收、销毁侵权商品和主要用于制造侵权商品、伪造注册商标标识的工具，违法经营额五万元以上的，可以处违法经营额五倍以下的罚款，没有违法经营额或者违法经营额不足五万元的，可以处二十五万元以下的罚款。上海青浦商标侵权律师,对五年内实施两次以上商标侵权行为或者有其他严重情节的，应当从重处罚。销售不知道是侵犯注册商标专用权的商品，能证明该商品是自己合法取得并说明提供者的，由工商行政管理部门责令停止销售。

一般情况下，可以采取此方式处理没收商标侵权商品：

1、用于社会公益事业

对那些具有使用价值但被侵权方无收购意愿且无法拍(变)卖的侵权商品，可以用于社会公益事业，救济困难群体，如捐赠给民政部门、红十字会、福利院、贫困山区、受灾地区等。

2、销毁

商标侵权商品的销毁主要有两种情形：

1采取上述几种方式仍然无法处理的侵权商品，应当予以销毁。这样既防止因侵权商品处理这一环节未终完成而导致整个案件无法及时结案归档，又避免侵权商品长期占用涉案财物仓库。

2经法定检验机构检验或者明显属于危害人体健康、存在重大隐患、威胁公共、破坏环境资源的侵权商品，应当坚决彻底地销毁，以防止危害后果的产生。销毁侵权商品时，被侵权方应当提供必要的协助。

在商业运行中，企业获得的利润可以分为主营业务利润、利润总额和净利润三种。主营业利润是指销售获得的所有收入，扣除成本后的部分;利润总额是指税前收入，所得税应当退库作为销售赔偿额的一部分，其他支出应予扣除，产品销售税则不退税;净利润是指利润不仅应当扣除成本，还应当扣除其他支出，以侵权人在侵权期间获得的纯利润作为赔偿额。上海青浦商标侵权律师,在侵权获得利润的赔偿问题上，选择主营业利润作为侵权赔偿的金额是较为合理的，既无需交纳非因自己经营产生的所得税以保护被侵权人的利益，还有利于阻吓侵权行为。

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